Modélisation de la pandémie : un trésor pour les geeks des données

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De plus, comme l’a noté le MIT Technology Review en début de semaine, plus de 24 000 documents de recherche sur les coronavirus sont désormais disponibles en unique endroit. Cet ensemble de données vise à accélérer la recherche scientifique qui pourrait permettre de lutter contre la pandémie du COVID-19. Il est encore très tôt, mais l’utilisation de l’IA pour tirer des conclusions de ces documents a déjà permis d’obtenir un aperçu très provisoire.

Plus : “The Big Picture”. Tomas Pueyo à suivit son méga-poste “Why You Must Act Now” (40 millions de vues et 30 traductions) avec “Coronavirus : The Hammer and the Dance”. C’est un brillant résumé de notre situation.

Plus : “How the Virus Got Out” – Le New York Times a réalisé un brilliant court métrage d’animation.

 

22 mars 2020 (Bruxelles, Belgique) – Comme je l’ai noté dans ma série de billets sur la pandémie COVID-19 (vous pouvez accéder à mes archives en cliquant ici), j’ai constaté que les gens mélangent et associent des statistiques inexactes qui mesurent différentes choses et utilisent ce mélange pour faire des prédictions irrationnelles. Malheureusement, cette utilisation de statistiques fausses et trompeuses comme arme semble être devenue la norme.

L’un des hommes arrivant à faire sens de toutes ces données est Azeem Azhar. Chaque week-end (avec des suppléments en milieu de semaine), il publie Exponential View, une brillante newsletter. Il fait partie de ces personnes qui comblent le fossé entre deux cultures – celle de la technologie d’un côté, et celle des sciences humaines de l’autre – afin de fournir une compréhension holistique de notre futur proche. Pour en savoir plus sur lui et sur sa newsletter, voir à la fin de ce post.

La semaine dernière, Azeem a interviewé Adam Kucharski, un mathématicien et épidémiologiste de la London School of Hygiene and Tropical Medicine, pour discuter de l’état de l’épidémie. Il s’agissait de la “Modélisation des pandémies pour les nuls”. Des liens vers l’audio sont présents ci-dessous et mon équipe média a pris la liberté de créer des transcriptions en anglais, français, allemand, italien, portugais et espagnol. D’autres langues seront ajoutées au cours du week-end. NOTE : nous sommes en train de tester un nouveau logiciel de traduction automatique à réseau neuronal. Veuillez donc tolérer quelques erreurs, le temps étant compté.

Adam est l’auteur de The Rules of Contagion : Why Things Spread – and Why They Stop qui est arrivé (ironiquement) hier dans mon colis Amazon. Cet ouvrage explore les principes sous-jacents de la contagion. J’aurai quelques brefs commentaires sur le livre dans un instant.

Dans cette interview, Azeem et Adam discutent (et je ne fais qu’effleurer la surface ; il s’agit d’un bloc d’informations – simplement un must “à écouter” et “à lire”) :

– Quels sont les principaux moteurs des courbes épidémiques et comment les prévisions sont établies

– Comment les changements de comportement affectent la modélisation et la prévision

– Quand est-ce qu’une population est “exempte de virus” ?

– Quels niveaux de test sont suffisants pour faire face à la crise actuelle

Et je dois dire qu’Azeem tappe dans le mille avec son commentaire sur les paradoxes.

Voici les liens :

Audio

Transcription en français 

Je n’en suis qu’à la moitié du livre d’Adam, alors voici quelques commentaires rapides :

– Le lire est un jeu d’enfant. Adam, qui a travaillé sur la lutte contre les virus Ebola et Zika, pense que pour maîtriser les maladies, il faut d’abord maîtriser l’arithmétique. La vaccination, notre arme la plus familière contre les épidémies, est si efficace parce qu’elle réduit la population sensible : en immunisant seulement la moitié d’entre eux, on réduit de moitié le nombre de personnes que chaque porteur peut infecter. La quarantaine fonctionne de la même manière sur le nombre d’interactions que les porteurs peuvent avoir. Les deux peuvent faire baisser le nombre R : il faut le faire descendre en dessous de R1, et de simples calculs permettent de dire que le nombre de nouveaux cas va diminuer et que l’épidémie va prendre fin.

NOTE : Dans les années 1970, un mathématicien du nom de Klaus Dietz a repris l’idée. Et si vous établissiez le nombre moyen de personnes qu’un nouveau cas pourrait infecter ? Appelez le l’indice de reproduction, ou R. Vous pourriez alors calculer la vitesse de propagation de la maladie, le nombre de personnes qui l’attraperont et, si vous pouviez intervenir de manière à réduire le R, calculer l’efficacité des mesures de lutte contre la maladie.

– Les mathématiques de Kucharski nous éclairent d’une autre façon. Citant la critique du livre par le Times :

Prenez les écoles : il s’avère que, comme les parents le soupçonnent depuis longtemps, elles sont un puits de maladie. En juillet 2009, les infections par la grippe H1N1 ont explosé au Royaume-Uni, mais dès que les vacances scolaires d’été ont permis aux enfants de tousser sur leurs PS4 plutôt que les uns sur les autres, le taux a plongé à près de zéro. Et que dire des rencontres rapprochées qui ont permis la propagation de nombreux virus : Les habitants du Royaume-Uni ont généralement des contacts physiques avec cinq autres personnes par jour, alors que pour les Italiens, qui sont très sensibles, ce nombre est deux fois plus élevé. Peut-être que cette réserve stricte britannique nous sauvera.

– Soudain, l’indice R ressemble moins à un dispositif académique et plus à une question de vie ou de mort. Les taux du coronavirus se situent entre R1,5 et R3,5, selon les estimations actuelles. Cela semble être une petite fourchette, mais comme le souligne le livre d’Adam Kucharski, elle a d’énormes conséquences.

C’est un moment d’enfer pour un tel livre d’être sorti, et certains pourraient penser qu’il s’agit d’une entrée rapide d’argent capitalisant sur une tragédie mondiale. Ils auraient tort. Le coronavirus n’était même pas encore apparu lorsque Kucharski a livré le manuscrit, donc la maladie n’est pas directement abordée ici. Si vous voulez vraiment savoir à quoi nous sommes confrontés, lisez le livre.

 

La mine de documents de recherche sur les coronavirus

Comme la plupart d’entre vous le savent, la revue technologique du MIT a noté en début de semaine que plus de 24 000 documents de recherche sur les coronavirus sont désormais disponibles en un unique endroit. Cet ensemble de données vise à accélérer la recherche scientifique qui pourrait permettre de lutter contre la pandémie du COVID-19.

Il est encore très tôt, mais l’utilisation de l’IA pour tirer des conclusions de ces documents a déjà produit un aperçu très provisoire. Brian Roemmele a indiqué que nous pouvons construire des systèmes de télémétrie humaine grâce à un petit réseau de biocapteurs portables qui sert d’alerte précoce d’infection. Il explique tout cela dans un Tweet ici. Il a été un adepte exceptionnel dans tout cela.

Vue d’ensemble

Tomas Pueyo a suivi son méga-poste “Why You Must Act Now” (40 millions de vues et 30 traductions) avec “Coronavirus : Le Marteau et la Dance”. C’est un brillant résumé de notre situation, et où nous allons probablement atterrir en fonction des mesures prises par nos gouvernements. C’est une lecture incontournable. Cliquez ici.

“Comment le virus s’est échappé”

Le New York Times a réalisé un brillant court métrage d’animation. Les restrictions de voyage les plus importantes de l’histoire de l’humanité pour arrêter une épidémie n’ont pas été suffisantes. Il s’agit d’une analyse des mouvements de centaines de millions de personnes pour montrer pourquoi. Cliquez ici.

Je termine avec Azeem Azhar, éditeur d’Exponential View, du numéro d’aujourd’hui :

J’ai étudié les systèmes et les courbes de croissance rapide, les exponentielles, pendant de nombreuses années. Les systèmes sont adaptables jusqu’à ce qu’ils ne le soient plus, puis ils deviennent fragiles, ils peuvent subir un changement de phase. Les courbes exponentielles peuvent être graduelles jusqu’à ce qu’elles ne le soient plus. Elles vous arrivent dessus rapidement. Elles vous noient. Et elles continuent et continuent. Jusqu’à ce qu’elles s’arrêtent. Mais qui sait quand ce moment arrivera ?

Comme je l’ai noté, le bulletin d’Azeem est devenu LA SOURCE – non seulement pour cette pandémie mais pour toute une série de questions via nos deux cultures – celle de la technologie d’un côté, et celle des sciences humaines de l’autre. Pour vous abonner à sa newsletter, cliquez ici.

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